Des del primer moment, la família Borja va donar suport al convent de Santa Clara, fundat per Violant d'Aragó, filla del duc reial Alfons d'Aragó. La major part de les filles dels ducs van acabar els seus dies en el convent, sent la primera de totes en fer-ho Isabel de Borja i, poc després, la seua pròpia mare, Maria Enríquez. Va ser tal el vincle entre la família i el convent, que les dones Borja pràcticament van monopolitzar el càrrec d'abadessa durant bona part dels segles XVI i XVII.

A canvi d'aquest refugi segur i prestigiós per a tantes dones de la família, els ducs sempre es van mostrar molt generosos amb la comunitat, impulsant diverses obres en el convent. Els Borja no sols van garantir la difícil supervivència material en aquesta clausura d'estricta pobresa, sinó que així mateix van contribuir a incrementar el prestigi del convent a través de les obres d'art que van regalar i que constitueixen l'origen dels fons de l'actual Museu de Santa Clara.