L'hospital de Sant Marc es va construir en la segona meitat del segle XIII. Com tots els hospitals medievals servia per a atendre malalts, però també a viatgers, mendicants i tota persona que necessitara almoina o refugi, així com als nounats abandonats.

Joana d'Aragó va adquirir diverses cases annexes per a ampliar-ho. Com era habitual en l'època, disposava d'una sala per a dones i una altra per a homes, separades per una capella perquè les persones malaltes pogueren seguir les celebracions religioses. Actualment, acull el Museu Arqueològic de Gandia i el Museu de Santa Clara, on es troben les obres que la família Borja va donar al convent.