Desde el primer momento, la familia Borja apoyó el convento de Santa Clara, fundado por Violante de Aragón, hija del duque real Alfonso de Aragón. La mayor parte de las hijas de los duques acabaron sus días en el convento, siendo la primera de todas en hacerlo Isabel de Borja y, poco después, su propia madre, María Enríquez. Fue tal el vínculo entre la familia y el convento, que las mujeres Borja prácticamente monopolizaron el cargo de abadesa durante buena parte de los siglos XVI y XVII.

A cambio de ese refugio seguro y prestigioso para tantas mujeres de la familia, los duques siempre se mostraron muy generosos con la comunidad, impulsando diversas obras en el convento. Los Borja no solo garantizaron la difícil supervivencia material en esta clausura de estricta pobreza, sino que así mismo contribuyeron a incrementar el prestigio del convento a través de las obras de arte que regalaron y que constituyen el origen de los fondos del actual Museu de Santa Clara.